The decision-making autonomy is an essential precondition for the performance of health services, both on the part of the provider and the patient. The specialist determines what treatment and related procedures he will propose to the patient. Based on proper instruction and informed consent, the patient either accepts or rejects. Both the provider and the specific healthcare professional often conflict between their legal obligations, the ethics of the profession and the requirements for medical procedure lege artis. The crisis caused by the SARS-CoV-2 (Covid-19) pandemic has brought entirely new issues that affect the very foundations of the autonomy of the medical profession and the autonomy of the Abstract: patient. The protection of the profession's independence and the respect for patients' right to self-determination form legal fundaments of health law within the rule of law. The paper deals with public law aspects of limiting the autonomy of both parties during a pandemic. The article examines how the requirements of healthcare crisis management constrain both health care providers and patients. The lack of human, financial and material resources limits healthcare providers. and Autonomie rozhodování je základním předpokladem výkonu zdravotních služeb, jak na straně poskytovatele, tak na straně pacienta. Odborník určuje, jaké léčebné a související postupy budou pacientovi navrženy. Pacient, na základě řádného poučení a informovaného souhlasu, tyto návrhy buď přijme, nebo odmítne. Poskytovatel i konkrétní zdravotnický pracovník se často dostávají do konfliktu mezi svými právními povinnostmi, etikou výkonu povolání a požadavky na lékařský postup lege artis. Krize, způsobená pandemií SARS-CoV-2 (covid-19) přinesla a přináší zcela nové otázky, které se dotýkají samotných základů autonomie lékařského povolání i autonomie pacienta. Z pohledu práva jsou ochrana nezávislosti při výkonu povolání a respekt k právu pacienta na sebeurčení základním institutem zdravotnického práva v rámci právního státu. Příspěvek se zabývá veřejnoprávními aspekty omezení autonomie obou stran v době pandemie, kdy poskytovatelé zdravotních služeb i pacienti jsou omezeni požadavky krizového řízení zdravotnictví. Poskytovatelé jsou limitováni nedostatkem lidských, finančních i materiálních zdrojů při poskytnutí zdravotní péče. Z uvedených důvodů je také svoboda rozhodování příjemce služby výrazně omezena. Příspěvek vychází z multidisciplinárního pojetí zdravotnického práva a zohledňuje rovněž manažerskou problematiku pandemie.