בניר עמדה שפרסם מכון וושינגטון למדיניות המזרח התיכון ב-2009 נכתב בין היתר כי, 'אין גם שום הצדקה לבזבוז של מיליוני דולרים לסיוע הומניטרי הניתנים כתרומה עבור אלו שיכולים להרשות לעצמם לשלם עבור שירותי אונר'א, וישנם רבים כאלה'.
רבים, בעיקר בישראל, אך גם במדינות ערב, רואים בארגון גוף המנציח את בעיית הפליטים הפלסטינים, מאחר שבמקום לסייע להם להיקלט במדינות בהן נמצאים מחנות הפליטים (כמו בלבנון ובירדן), הם מסייעים למעשה בשימור מצבם.
אונר'א מעניקה שירותי חינוך, תעסוקה, בריאות ורווחה במסגרות המשרתות בלעדית את צאצאי הפליטים, ומעודדת את הזכאים לשירותיה שלא לפנות למערכות הסיוע המקומיות במדינות מושבם לקבלת שירותים מקבילים.
כפילות מערכתית זו יוצרת פערים כלכליים עמוקים בין תושבים המקבלים את עזרת הארגון לבין אזרחי המדינה, והאיבה הטבעית הנוצרת מפערים אלו מנותבת להנצחת השאיפה העממית לחיסול מדינת ישראל, בהיותה ה'חטא הקדמון' האשמה בנכבה.
על פי דוחו'ת שנכתבו על ספרי הלימוד של אונר'א, חלק מהספרים מכילים תכנים לאומניים ומדגישים את זכות השיבה, ואינם מציגים את מדינת ישראל על המפה ואת הישראלים כאנושיים או דנים באפשרות ריאלית של שלום בין העמים.
דו'ח חסר תקדים של ועדת האו'ם למיגור אפליה גזעית ב-2019 מציג תכנים המכילים הסתה לשנאה, אלימות ואנטישמיות בתוכנית הלימודים של הרשות הפלסטינית ושל אונר'א, וקורא להסירם.